Neben dem Repräsentationssitz des Landmeisters in Elbing war sehr bald die Marienburg dessen bevorzugter Aufenthaltsort. Als es nach dem Fall von Akkon am 18. 5. 1291 erforderlich wurde, den Hauptsitz des Ordens zu verlegen, entschieden sich Hochmeister und Großgebietiger zunächst für Venedig, wenige Jahre später aber für die im eigenen Machtbereich gelegene Marienburg, möglicherweise, weil der König von Frankreich 1307 begonnen hatte, den Templerorden systematisch zu vernichten und der Deutsche Orden ein ähnliches Schicksal für sich nicht ausschloss.
Neben dem Vorteil der verkehrsgünstigen Lage mag für die Marienburg gesprochen haben, dass sie mit der Aussicht auf den Erwerb von Pommerellen samt Danzig in eben jener Zeit eine ziemlich zentrale Lage im Ordensland einnahm.
Dabei ist der Erwerb von Pommerellen eine ziemlich komplizierte Angelegenheit:
Einer der letzten erbberechtigten Nachfahren von Herzog Swantopolk (gest. 1266), Mestwin, übergab sein Erbteil an die Markgrafen von Brandenburg und nahm es als deren Lehen zurück. Im Streit mit seinem Bruder, der Danzig mit Umland geerbt hatte, rief er seinen Lehnsherrn zu Hilfe, der Danzig besetzte, aber nicht mehr von dort wich. Daraufhin holte Mestwin seinen Onkel Herzog Boleslav von Großpolen zu Hilfe, der die Askanier vertrieb. Mestwin versäumte es jedoch, seinen Lehnsvertrag mit Brandenburg zu kündigen. Als Mestwin 1282 starb, vererbte er sein Land dem polnischen Onkel, wozu er aufgrund des nicht gekündigten Lehnvertrags nicht berechtigt war. In den nächsten Jahrzehnten wurde um den Besitz von Pommerellen gestritten. Herzog Wladislaw I. Lokietek nahm 1306 die Burg von Danzig ein. Daraufhin bemächtigte sich im nunmehr beginnenden “Sundischen Krieg” Markgraf Waldemar von Brandenburg 1308 der Stadt Danzig. Lokietek rief nun den Deutschen Orden zu Hilfe, der sich auch sehr gerne einschaltete und nacheinander erst den Brandenburger und dann Lokietek vertrieb, bevor er Danzig zerstörte. Im Vertrag von Soldin ließ sich der Deutsche Orden dann am 13. 9. 1309 vom Markgrafen von Brandenburg die Rechte an Pommerellen mit den Burgen Danzig, Dirschau und Schwetz für 10.000 Mark Silber abtreten, was Kaiser Heinrich IV. 1313 sanktionierte. Am folgenden Tag, dem 14. 9. 1309, hielt Hochmeister Siegfried von Feuchtwangen (1303 – 1311) seinen Einzug in die Marienburg. Sein Bruder Konrad war übrigens einer der wenigen Christen, die 1291 die Eroberung von Akkon durch den Mamelucken Bakra Khan überlebte.
Die Polen haben sich mit der Art und Weise der Übernahme von Pommerellen durch den Orden nie abgefunden und die Kirche hat die Zuordnung des Landes zum Erzbistum Gnesen nie geändert. Es kam sogar 1339 in Warschau zum Prozess, den der Orden verlor. Im Vertrag von Kalisch 1343 zwischen König Kasimir III. von Polen und Hochmeister Ludolf König verzichtete das Königreich Polen auf Pommerellen. Man einigte sich gleichzeitig über den Grenzverlauf zu Ostpreußen, der bis 1919 gültig war. Der Orden gab Kujawien und das Dobriner Land zurück und zahlte eine Entschädigung von 10.000 Floren an Polen. Der Verzicht auf Pommerellen war jedoch nur vorläufig und der König von Polen nannte sich weiterhin – rechtswidrig – Herzog von Pommerellen. Im 2. Frieden von Thorn 1466 erreichten die Polen dann endlich ihr Ziel und vereinnahmten Pommerellen.
Die Marienburg wurde nach 1309 zu einer der glanzvollsten Wehrresidenzen ihrer Zeit ausgebaut. Die Architekten des weltläufigen Ordens griffen dabei auf Stilelemente aus Westeuropa – Frankreich und Italien – aber auch aus Byzanz und den Nahen Osten zurück.
