Der Neubau der Wallfahrtskirche erfolgte 1687 – 1730 im Stil eines italienisch beeinflussten Barock, wobei die Gestaltung wesentlich vom Baumeister Georg Ertly aus Wilna geprägt wurde. Dabei musste das sumpfige Gelände erst befestigt werden, indem man eisenbewehrte Holzpfähle in den Untergrund trieb und einen Teil eines Berges hinter der Kapelle abtrug, um mit dieser Erde den Sumpf zuzuschütten. Die Kirche ruht heute noch auf diesen alten Pfählen.
Nach dem 2. Weltkrieg wurden erhebliche Anstrengungen unternommen, um das Gesamtwerk zu restaurieren und zu konservieren.
Im Zentrum der Kirchenfront sind die Symbole des Kirchennamens dargestellt: die von Strahlen umgebene Maria erscheint vor dem 1728 von Mathias Poertzel in Sandstein gearbeiteten Lindenbaum. Verschiedene Heiligenfiguren in der Fassade, entstanden 1744 und 1745 durch die Hand Christoph Perwangers, umgeben das Symbol, so die Heiligen Ignatius von Loyola und Franz Xaver, denen die Kirche bei der Grundsteinlegung 1687 neben dem hl. Michael geweiht wurde, sowie Aloysius von Gonzaga, Stanislaus Koska und im Giebel Petrus und Paulus.
Die Bauausführung der Westfassade lag in der Verantwortung des Steinmetzen Matthias Zachowitz. Die Uhren in den Türmen von Johann Albrecht aus Königsberg wurden 1740 installiert.
Die Kirche wurde 2011 gründlich renoviert. Dabei fand man an der Fassade Farbreste der Bemalung aus der Barockzeit, ein Rot-Rosa. Der Vorderfront hat man nun diese Farbigkeit zurück gegeben.[1] Neben der farblichen Umgestaltung wurden Dächer, die Orgel, der Hauptaltar und die Fresken im Kreuzgang restauriert bzw. repariert. (PAZ, 30. 3. 2013)
[1] Christian Rudolf, Heiligelinde in neuem Kleid, Oprbl. Nr. 33/11 vom 20. August 2011