Die Vorburg verlegte man nach dem Umzug des Hochmeisters 1309 weiter nach Norden und auf dem dadurch freiwerdenden Platz wurde das Mittelschloss mit den Wohn- und Repräsentationsräumen sowie Gästezimmern für den Hochmeister und den Großkomtur errichtet, die einer Landeskapitale angemessen sind. Außerdem richtete man hier das Hospital ein, das Herzstück für das Selbstverständnis des Ordens.
Der Ostflügel des Mittelschlosses war ursprünglich mit 22 Kammern ausgestattet. Acht von ihnen, die sich im nördlichen Abschnitt unmittelbar an die Großkomturei anschlossen, dienten zur Unterbringung bevorzugter Gäste. Normale Kreuzritter mussten mit den Gasthäusern der Stadt Marienburg vorlieb nehmen. In den restlichen, südlich gelegenen Kammern haben vermutlich Beamte des Ordens ständig und in größerer Zahl gewohnt. Im Obergeschoss des südlichen Ostflügels hatte vermutlich die Schäfferei des Ordens, also ihre Wirtschaftsverwaltung, ihren Sitz. Es gab zwei Großschäffer im Ordensstaat. Der eine hatte seinen Dienstsitz in Königsberg, der andere hier in der Marienburg.
In der Südwestecke des Ostflügels befindet sich die St. Bartholomäuskapelle, die um rund 5 Meter in den Hof vorspringt. Nachdem sie in der Nachordenszeit als Vorratskammer verkam, wurde ihr in den Hof hineinragender Teil um 1800 abgebrochen und musste später erst wieder mühsam rekonstruiert werden. Die Bartholomäuskapelle zeigt heute Ausstellungsvitrinen für Bernsteinschmuck und andere Preziosen.
In den Trakt mit den Gästekammern wurde nach dem Krieg ein Konzertsaal eingebaut.
In der östlichen Hälfte des Nordflügels befand sich die Wohnung des Großkomturs, in der westlichen Hälfte die Firmarie für alte und kranke Ordensbrüder. In der Mitte gab es den Torbau mit Räumen für die Torwache.
Die Großkomturei war auf die privaten und dienstlichen Raumbedürfnisse des zweithöchsten Ordensrepräsentanten ausgerichtet. Der Großkomtur hatte Obliegenheiten als Schatzmeister, war Aufsichtsbeamter für die Amtsführung des Treßlers, verantwortlich für die Vorratshaltung und die Magazine sowie für Handel und Schifffahrt und vertrat den Hochmeister während dessen Abwesenheit. In der Nachordenszeit gab es eine gewisse Kontinuität in der Nutzung der Räume, wobei man das Gebäude insbesondere in der unmittelbar anschließenden polnischen Zeit umbaute. Es nahm die Kanzlei auf und hatte den königlichen Schatz aufzubewahren. Außerdem verfügte hier der Schatzmeister, der zeitweise auch Starost von Marienburg war, über eine Wohnung, später auch der Unterstarost. In der ersten Schwedenzeit 1626 – 1635 logierte hier der schwedische Kommandant und dann der kurbrandenburgische Gouverneur. Danach bis 1772 war das Haus Sitz der Starostei. In preußischer Zeit legte man zunächst Wohnungen für Offiziere in die Starostei, dann für Magazinbeamte und für die Bezirksadjutanten. Ab 1892 war die Schlossbauverwaltung in den Räumen untergebracht.
Die Firmarie zur Behandlung von siechen und kranken Ordensbrüdern nahm den Westteil des Nordflügels ein. Sie bestand aus 2 quadratischen Räumen und dem 11 x 13 m große Baderaum, zugänglich vom Hof und vom Hausflur. Es gab Dampf- und Wannenbäder und wahrscheinlich noch andere Wellness-Behandlungen. Diese wurden offensichtlich stark frequentiert. Daneben befand sich die kleine Kapelle des Hauses und im Stockwerk darüber gab es Kammern für die zu pflegenden Insassen. Eine Küche lag im Untergeschoss.
Zwischen Großkomturei und Firmarie befand sich die große Tordurchfahrt, zu der ein Turm von 15 m Höhe gehört. Der war spätesten im 18. Jh., vielleicht auch früher beseitigt worden und musste um 1900 erst wieder rekonstruiert werden. Dem Tor vorgelagert ist ein Zwinger. Ein solcher Zwinger gehört zu den orientalischen Elementen, die die Ordensritter aus der Kreuzzugszeit mitbrachten. Das Haupttor wurde durch ein Fallgitter gesichert, das in eine hohe Nische eingepasst war. Neben dem Tor gab es eine mit Tonnengewölbe überdeckte Pförtnerstube nebst einem Vorflur, zugänglich vom Torwege aus. Hieran schlossen sich nach Osten Vorratsgewölbe und die Heizung an.
Im Westflügel zwischen Meisters Großem Remter und der Firmarie waren die Remterküche und die Speisekammer untergebracht.
Der Westflügel nahm den zentralen Bereich der Marienburg auf – den Palast des Hochmeisters.
