Mit dem Bau des Marienburger Doms, der unmittelbar mit seiner Westseite an die Burg anschließt, begann man bereits 1310. Als erstes war 1330 der Chor so weit vollendet, dass hier im November der Hochmeister Werner von Orseln bestattet werden konnte, der von einem Mitglied des Konvents in Memel, Johannes von Neendorph, am 18. 11. 1330 ermordet worden war. Die anderen Abschnitte folgten zwischen 1343 und 1355, die Endstufe erreichte man 1380. Als Baumeister für den wesentlichen Bauabschnitt wurde Bruder Rupert, ein Maurermeister, genannt.

Das wehrhafte Äußere des Doms wird noch unterstrichen durch den mächtigen Glockenturm, der in der Anfangszeit zusätzlich die Funktion eines Wehrturms hatte und deshalb eine zinnenbewehrte Brüstung aufweist.

In einem Anbau auf der Nordseite des Doms von 1705 liegt Otto Friedrich v. d. Groeben mit seinen drei Ehefrauen begraben.

Die Eingangshalle am Südschiff von 1586 aus gotländischem Kalkstein weist frühgotische Elemente auf. Diese stammen vom Altschlösschen, dem ersten Bischofssitz und Vorgängerbau der Burg. Das Mosaikbild über dem Schmuckkamm der Vorhalle, gestiftet von Bischof Johannes I., wurde um 1380 von einem vermutlich italienischen Künstler geschaffen.

Das Kirchenschiff war der drittgrößte Kirchenraum des Ordensstaates. Der Chor wird außen von kräftigen dreisprüngigen Strebepfeilern umspannt und ist innen – eine Besonderheit – in 2 Ebenen unterteilt. Der obere Chor mit prächtigem Sterngewölbe liegt 5.35 m höher. Der untere Chor stützt sich auf vier Granitsäulen und diente ursprünglich als Krypta. Hier wurden die pomesanischen Bischöfe sowie einige Hochmeister bestattet. In dieser Krypta unter dem Presbyterium entdeckten polnische Forscher 2007 drei Sargüberreste. Bei den Skeletten lagen Stücke von Seidenstoff und kostbare Kleiderspangen, die auf hochrangige Ordensmitglieder schließen ließen. Anhand anthropologischer Untersuchungen und von DNA-Analysen kam man zu dem Schluss, dass es sich hier mit hoher Wahrscheinlichkeit um die sterblichen Überreste der Hochmeister Werner von Orseln (1324 – 1330), Ludolf König von Wattzau (1342 – 1345) und Heinrich von Plauen (1410 – 1413) handelt. Werner von Orseln war einem Attentat zum Opfer gefallen und die beiden anderen hatte man ihrer Ämter enthoben, weshalb ihnen möglicherweise die Bestattung in der Annen-Kapelle der Marienburg verwehrt wurde.

Heute gibt es hier eine Kapelle, die der Dorothea von Montau (1347 – 1394) gewidmet ist, deren Klause sich unmittelbar südlich anschließt. Auch sie fand im Dom von Marienwerder 1394 ihre letzte Ruhestätte. Ihr Grab war in der Reformationszeit des 16. Jhs. zerstört, ihre Klause am Dom nach 1977 jedoch als Kultstätte wieder hergerichtet worden

Im Laufe des 16. Jhs. wanderten viele evangelische Polen ins Umland von Marienwerder ein. Ihre wachsende Zahl machte gegen 1586 die Einrichtung einer Kirchengemeinde, in der polnisch gepredigt wurde, erforderlich. Für ihren Gottesdienst wies man dieser Gemeinde den Hochchor zu, indem man den Bogen zum Kirchenschiff hin zumauerte und in das Treppenhaus auf der Nordseite eine Zugangstür einfügte.

Das Hauptschiff ist im Innern von einem komplizierten Sterngewölbe überdeckt, wobei eine Führungsrippe die Länge der Halle betont. Auf den Konsolen der Rippen über den achteckigen Pfeilern sind Phantasietiere herausgearbeitet.

Über den Arkaden der niedrigeren Seitenschiffe verläuft ein besonderes Stockwerk. Das umfasst einen Wehrgang rund um das Kirchenschiff mit Schießscharten nach außen und Fensteröffnungen ins Kircheninnere. An den Wänden der Seitenschiffe entdeckte man bei Wiederherstellungsarbeiten 1862 – 1864 Bänder mittelalterlicher Malereien, entstanden in der Zeit von 1380 bis 1450.

Malereien, die in der Zeit des Bischofs Hiob v. Dobeneck (1502 – 1521) entstanden, schmücken die Wände des Hochchors. Sie zeigten die lange Reihe der ersten 17 pomesanischen Bischöfe. Der Bischofsstab des einen von ihnen, Nikolaus II. (1464 – 1466), der vom Kapitel gewählt, aber vom polnischen König nicht bestätigt worden war und der ungekrönt 1471 starb, zeigt aus diesem Grund nach unten und er trägt die Mitra nicht auf dem Kopf.

Ausstattung:

• Hochaltar und Kanzel neogotisch, 19. Jh.
• barocker Altar, Ende 17. Jh., ehem. Hauptaltar, an der Nordwand des Chors. Christus am Kreuz zwischen Maria und Johannes, in der Predella: Abendmahl
• Reliquienschrein der Hl. Dorothea von Montau, um 1400
• reich verzierter Bischofsstuhl, um 1505, gestiftet von Hiob von Dobeneck, der “Eiserne” – weil er auf seinen Ritten und Reisen einen Harnisch zu tragen pflegte,
• zwei evangelische Predigerstühle, gearbeitet von Joseph Anton Kraus 1715
• etliche Epitaphien und Grabtafeln
• Wandgrab für Friedrich v. d. Groeben und seine Ehefrauen im nördlichen Anbau, wohl ebenfalls von Joseph Anton Kraus.
• Die romantischsinfonische Orgel schuf 1864 Wilhelm Sauer aus Frankfurt/Oder. Sie gilt dem Organisten und Komponisten Oskar Gottlieb Blarr als die schönste in ganz Polen[1]
  
• Zur Hochmeistergruft im Dom von Marienwerder, die 2007 in der Krypta des Doms freigelegt wurde, gab es ein Hörbuch.[1] Oskar Gottlieb Blarr, Die Orgel und die Schicksalsgemeinschaft, Masurische Storchenpost, November 2016, S. 19