Der Hochmeisterpalast entstand erst zum Schluss der Ausbaumaßnahmen zwischen 1383 und 1393 und gilt vielen als das reifste Werk der Ordensarchitektur. Er bestand aus Meisters Großem Remter, Meisters Gemach mit Kapelle und Wohnräumen für den Hochmeister, Sommer- und Winterremter, weiteren Amtsräumen, sowie in zwei Untergeschossen aus je einem Vorraum und drei gut belichteten Stuben, zum Teil mit 4 Fensterplätzen, für die Kumpane des Hochmeisters, seine Schreiber und seine Diener (die Hofjunker), alle von scharfgratigen Kreuzgewölben auf meist einer Mittelsäule überdeckt. Es waren die Schreibstuben der Ordensregierung, des Meisters, des Treßlers, die Gebietiger-Ratsstube unter dem Winterremter mit 3 Pfeilern, die Kapellanei sowie Wohnstuben der Beamten. Für die Gestaltung des Hochmeistertraktes war der Baumeister Nikolaus Fellenstein aus dem Rheinland verantwortlich.
Sommerremter wie Winterremter verfügen über nur eine einzige Mittelstütze aus Granit, die jeweils die originalen Gewölbe stützen, die allerdings 1818 – 1820 gründlich saniert wurden.
Der Winterremter ist 12 x12 m groß und 7,8 m hoch. Er war mit einer Fußbodenheizung ausgestattet. In ihm findet man noch Reste von Wandgemälden, die die Hochmeister Konrad und Ulrich von Jungingen 1402 und 1407 von Meister Peter anfertigen ließen. Der Fliesenbelag wurde 1933 erneuert.
Der Sommerremter ist 14 x 14 m groß und 9,7 m hoch. Ursprünglich waren seine Wände rot und die Decken weiß getüncht. Nach der Überlieferung sollte während der Belagerung der Marienburg durch die Polen 1410 bei einer Versammlung der Ordensgebietiger im Sommerremter durch Verrat mit einer Geschützkugel die einzige tragende Säule getroffen und das Gewölbe so zum Einsturz gebracht werden. Die Kugel ging jedoch dicht an dem Pfeiler vorbei und blieb in der Wand stecken, wo sie noch heute zu sehen ist. Die alte Reimschrift, die auf diesen Vorfall hinwies, existiert dagegen schon lange nicht mehr. Sie lautete:
Als man zelet m cccc x iar
Dieß sag ich euch allen fürwar
Der stein wart geschossen in die want
Hie sal er bleiben czu einem ewigen pfant
Der große Flur von Westen nach Osten diente zur Ordenszeit als Warte- und Empfangshalle für die Besucher des Hochmeisters. Gleichzeitig dürfte sich hier die Wache aufgehalten haben, die den Zugang zu den Räumen des Hochmeisters regelte.
Dem Winterremter benachbart befanden sich 2 Räume, die vermutlich die Amtsräume des Hochmeisters darstellten. In polnischer Zeit bildeten sie das Gemach des Königs.
Dem Hochmeister war eine eigene Kapelle vorbehalten, rechts neben dem Eingang zu Meisters Gemächern, zugänglich vom großen Flur durch eine Vorhalle. Das zweiteilige Fenster der Nordseite, das noch vor 1400 vermauert worden war, wurde 1817 wieder entdeckt, und hiernach ist das Maßwerk neu gearbeitet. Es gab Wandgemälde, u. a. Darstellungen der Apostel, von denen Thomas und Petrus noch vorhanden sind. An der Restaurierung des Raums wird noch gearbeitet.
Vom Flur führt auch eine Tür zu den Privatgemächern des Hochmeisters. Über dieser Tür ist, jetzt halb erloschen, das Wappen eines der beiden Hochmeister Jungingen gemalt, vermutlich des Konrad, zu dessen Amtszeit dieser Bau ausgeführt wurde. Der westliche Raum war wohl das S c h l a f g e m a c h des Hochmeisters, der östliche der Raum für die Bedienung. Hierauf folgt weiter nördlich ein größerer Raum, wohl das Wo h n g e m a c h des Hochmeisters mit schön ausgemalter Decke. Beide verfügten über eine Fußbodenheizung.
Meisters Großer Remter, 15 x 30 m groß und um 1320 gebaut, wird von 8 Gewölbejochen überdeckt. Er brannte 1959 aus, wurde aber vollständig wiederhergestellt, wobei man die Wandvertäfelung des 19. Jhs. wegließ. Der Große Remter mit seinem auf drei schlanken Säulen aus rotem Granit ruhenden Sterngewölbe von ausgeprägter Raffinesse, ist der größte Saal einer Ordensburg überhaupt und zählt zu den schönsten des Mittelalters. Die Fensterreihen an beiden Längsseiten sorgen für ein maximales Tageslicht. Wegen statischer Probleme musste er in den 1990er Jahren aufwendig gesichert werden und bleibt vorerst unzugänglich. Das Dachgechoss darüber diente als Arsenal.
Im Winkel zwischen der Hochmeister-Kapelle und dem Großen Remter steht ein Anbau, der einen Flur in Verlängerung der Hinterkammer und zwei Stuben enthielt. Wahrscheinlich war er dreigeschossig. Hier neben dem Brunnen wohnten des Kapellans Schüler oder vielleicht auch der Kapellan selbst.
Der Brunnen vor Meisters Großem Remter entstand zusammen mit dem Westflügel. Sein baulicher Zustand verschlechterte sich in den nachfolgenden Jahrhunderten. 1724 wurde über ihn berichtet, dass er infolge einer Überschwemmung eingestürzt sei. 1823 wurde der Brunnen in Ordnung gebracht, 1910 von Steinbrecht gereinigt und mit Pumpe zur Wasserförderung versehen. Über dem Brunnen wurde wieder ein Brunnenhaus errichtet. Die Kesselmauerung aus Granit ist auch hier alt. Der Brunnen war in der Stadt für sein gutes Wassers bekannt.
