Bis 1405 ein eigenes Kirchengebäude aus Backstein, durchsetzt mit Findlingen, auf einem Platz neben der Schwöne errichtet wurde, das heute noch steht, diente die Burgkapelle als Pfarrkirche. Man begann Anfang des 15. Jhs. mit dem Ostteil der Kirche und seinem bemerkenswert schönen Ostgiebel, jedoch ohne Chor, und erweiterte den Saalbau am Ende des 15. Jhs. nach Westen. Merkmale dieser Veränderung sind verschiedenartige Mauerstärken und unterschiedliche Baustoffe. Die Nordseite des Kirchenschiffs war gleichzeitig Teil der Stadtmauer. Der breite Turm hat einen quadratischen Grundriss.[5]

Bei den häufigen Stadtbränden kam die Kirche recht glimpflich davon. 1914 im 1. Weltkrieg wurde sie dann bei der Rückeroberung der Stadt durch die Deutschen schwer beschädigt, der Turm von den Russen gesprengt, um den Deutschen die Orientierung zu nehmen. Vom Kirchenschiff blieben nur die Umfassungsmauern sowie der schöne Ostgiebel. Bis 1925 baute man die Kirche unter Leitung von Baurat Kurt Dieckert und unter Aufsicht des Geheimen Oberbaurats Kickton wieder auf und erhöhte den Turm neogotisch, vermutlich nach Plänen von Hugo Häring.

Im 2. Weltkrieg wurde die Kirche 1945 kaum beschädigt und danach lange Zeit als Getreidespeicher genutzt, wobei man das Dach erneuerte, indem man es mit Asbestzementplatten eindeckte. Das Dach ist jedoch inzwischen marode und durchlässig. Im Innern existiert an der nördlichen Kirchenwand noch die Grabplatte für Friedrich von Rauschke und seine Frau Anna Helene, geb. Dönhoff. Die alte Ausstattung aus der Zeit nach 1914 ist verloren.

Am 10. 7. 2005 feierten die früheren und heutigen Einwohner von Allenburg im Rahmen eines Abendmahlsgottesdienstes das 600-jährige Bestehen der Kirche und räumten zu diesem Zweck das vorjährige Korn raus, um das Kirchenschiff in einen begehbaren Zustand zu versetzen. Das Ehepaar Ute und Eckhard Bäsmann setzte sich erfolgreich dafür ein, dass im Turm Sicherungsarbeiten durchgeführt und Zwischendecken eingebaut wurden. Mit vielen Spenden der ehemaligen Einwohner von Allenburg und dem benachbarten Groß Englau sowie Spenden der Landsmannschaft Ostpreußen und weiterer Institutionen, die ihre Kollekten dem „Förderverein Allenburger Kirche“ gewidmet hatten, konnte der Kirchturm erhalten werden. Er beherbergt jetzt einen Andachtsraum und ein kleines Museum mit einer Ausstellung über Allenburg, wie es einst war. Wer die Kirche besuchen will, melde sich bei Frau Luba Daub, Tel.: 007 401 57 774 84. Mit Hilfe von Spenden konnte 2014 die Uhr im Glockenturm wiederhergestellt werden. Der Turm erhielt ein neues Dach. Ein Raum der Kirche wurde für evangelische Gottesdienste hergerichtet und dort hat auch ein Café Platz gefunden. Ein anderer Raum nahm ein kleines Museum auf.[6]

Bereits zur 600-Jahr-Feier in Allenburg wurden an der Kirche zwei Marmorplatten enthüllt, die folgende Inschriften tragen: „Deutsche Ordenskirche von 1405 Allenburg Kulturdenkmal“ und „600 Jahre Allenburg – Drushba 2000“

Im Jahr 1999 wurde der „Förderverein Allenburger Kirche und Pflege kultureller Zwecke und Einrichtungen, Völkerverständigung e. V.“ gegründet. An der Nordseite der Kirche wurde vom „Verein zum Erhalt der Kirche“ die Grabplatte repariert. Die noch lesbare Inschrift liest sich nach einer Mitteilung von Frau Ute Bäsmann wie folgt: “Anno 1683 hat der hochedelgebohrene Herr Albrecht Friedrich von Rauschke Seiner Churfürstlichen Durchlauchtigkeit In Brandenburg Cammer-Herr und Legations-Rath of Gros Klein Eyserwagen und Nadraw Erbherr und dessen Eheliebste die Wohlgeborene Frau Anna Helene von Dönhoff Diese von ihnen erbaute Ruhestette Hiemit belegen lassen.” Die Umschrift lautet: „Der Herr aller Welt wird uns auferwecken zu seinem ewigen Leben Dan er wird die Greber aufthun und sein Volk aus denselben heraus holen. Ezechiel Cap. 37 V. 12“[1]

Die historische Innenstadt ist zerstört. Stattdessen gibt es einzelne Neubauten. Zu den ganz wenigen erhaltenen Gebäuden zählt die Volksschule, die erweitert wurde. Von den Vereinigten Milchwerken im Zentrum und der NATURA Glücksklee Verarbeitung an der Gerdauer Chaussee existieren noch Teilbereiche.[2]

Das von Ute und Erhard Bäsmann in den 1990er Jahren erworbene und hübsch restaurierte Schleusenwärterhäuschen brannte leider im Jahr 2012 ab, möglicherweise durch einen technischen Defekt. Das Dach stürzte ein und zerschlug die Decken der Räume.[3] Nach einer persönlichen Pause gelang es 2018 den Bäsmanns, einen Investor für die Rettung des Hauses zu interessieren. Der will jetzt das Häuschen wieder aufbauen und der Öffentlichkeit als kostenlos zugängliches Heimatmuseum zur Verfügung stellen. Die Eröffnung ist für den 30. 8. 2020 vorgesehen, wenn Allenburg sein 620. Jubiläum begeht.[4]