Die Kirche von Mühlhausen wurde angeblich 1305 gebaut, der Förderkreis Kirche Mühlhausen nennt das Jahr 1360[1]. Es ist ein einschiffiger Saalbau mit Chor aus der 2. Hälfte des 14. Jhs. Der Turm, dreigeschossig mit quadratischem Grundriss, stammt vom Anfang des 16. Jhs. Das Kirchenschiff ist ein Bau wohl aus dem 3. Viertel des 14. Jhs. Im Osten erhob sich ursprünglich ein Fachwerkgiebel, dann ein Giebel vom Anfang des 16. Jhs. Der Westgiebel kam erst am Ende des 15. Jhs. hinzu. Die Fenster wurden im 17. Jh. vergrößert. Vorhalle und Sakristei befinden sich im Norden, 1623 unter Eberhard v. Kuenheim d. J. im Stil der Renaissance erneuert und mit geschwungenen Giebeln versehen.

Daniel von Kuenheim erwirkte anlässlich eines Besuchs in Rom beim Papst 1492 einen Ablassbrief, um die baufällige Kirche nicht nur restaurieren zu können, was dann auch geschah, sondern sie auch zu einer Wallfahrtskirche auszubauen. 1906/07 wurde sie gründlich restauriert.

In einer Gruft vor dem Altar aus dem 16. Jh. ruhte Margarethe von Kuenheim, die Luther-Tochter, mit ihrem Mann und 5 ihrer 9 Kinder sowie die zweite Frau Dorothea, geb. von Oelsnitz, und weitere Familienmitglieder. 1830 brachte man die inzwischen etwas verfallene Gruft in einen ordnungsgemäßen Zustand und vermauerte sie danach.

Die einstige Ausstattung der Kirche umfasste zwei Porträts von Martin Luther und seiner Tochter Margarethe von Lukas Cranach d Ä. (1546 und 1557), die 1945 spurlos verschwanden Zum Kirchenschatz gehörten auch zwei von Margarete Luther mitgebrachte Dokumente: die Vorladung Luthers vor den Reichstag in Worms 1521 mit der eigenhändigen Unterschrift von Kaiser Karl V. und den Freien Geleitbrief nach Worms. Beide Dokumente lagen bis zum Ende des 17. Jhs. in der Pfarrbibliothek Mühlhausen und kamendann in die spätere Universitäts-Bibliothek von Königsberg.[4] Nach Dr. Christian Will befanden sie sich bis 1945 in der Wallenrodtschen Bibliothek im Dom.[5] Die Kirchenbänke wurden in der Bäckerei verfeuert, der Rest abtransportiert. Die Grabsteine für Dorothea von Kuenheim, der zweiten Frau von Georg von Kuenheim, für beider Sohn Erhard von Kuenheim sowie der der Brüder Rufus v. Glaubitz (gest. 1602) und Christoph v. Glaubitz (gest. 1603) in der Vorhalle sind zerbrochen, aber noch vorhanden.

Die Kirche Mühlhausen war die erste Landkirche in Preußen, in der der neue evangelische Glaube verkündet wurde, und sie galt als schönste Landkirche Ostpreußens, weil ihre Innenausstattung wie aus einem Guss zwischen 1693 und 1698 von dem Holzbildhauer Isaak Riga und dem Maler Gottfried Hinz ausgeführt wurde. 1945 wurde die Kirche kaum beschädigt, wenn auch ausgeplündert, danach jedoch als Speicher zweckentfremdet. In der Sakristei befand sich eine Mühle, mit der Mischfutter hergestellt wurde, der Boden der Halle wurde im Laufe der Zeit mit mehreren Schichten Asphalt überdeckt. 1992 schilderte man sie als in starkem Verfall begriffen, die Dächer beschädigt, undicht und stark verwahrlost. In der Südmauer des Kirchenschiffs hatte man eine LKW-Zufahrt herausgebrochen, die Fenster waren zugemauert.

Neuer Eigentümer seit der Perestrojka wurde die evangelisch-lutherische Kirche in Russland (ELKRAS). Seitdem gibt es Restaurierungs- und Sicherungsarbeiten mit Förderhilfe aus Deutschland durch Einschaltung des Deutschen Zentrums für Handwerk und Denkmalpflege, Propstei Johannisberg Fulda e. V. An den Rettungsmaßnahmen beteiligt sich auch die Heimatkreisgemeinschaft Pr. Eylau. 1993 wurden mit finanzieller Hilfe der Bundesregierung das Dach geschlossen und erste Reparaturen am Mauerwerk vorgenommen[2] Ehemalige Mühlhausener und weitere Mitglieder der Kreisgemeinschaft Pr. Eylau gründeten 1994 den “Förderkreis Kirche Mühlhausen Kreis Preußisch Eylau e. V.” und gab ihm den Auftrag, die Kirche als ein bedeutendes Kulturdenkmal zu sichern, zu restaurieren und zu erhalten sowie für ihren ursprünligchen Zweck nutzbar zu machen. 1997 war der LKW-Zugang wieder geschlossen. Der Asphaltboden aus der Zeit der Zweckentfremdung als Speicher wurde entfernt und ein neuer Ziegelfußboden gelegt. Das Tonnengewölbe aus Holz im Chor weist noch sehr gut sichtbare Reste der Bemalung von 1695 auf. Diese einsturzgefährdete Decke wurde gesichert und die Deckenmalerei von Petersburger Fachleuten restauriert. Die ZEIT-Stiftung finanzierte die Sicherung der Fresco-Malereien an der Westwand durch dieselben Experten. Ab 1999 konnten erstmals wieder Gottesdienste in der Kirche abgehalten werden. Die endgültige Erneuerung der gesamten Dachflächen erfolgte mit Mitteln der Bundesregierung in den Jahren 2010 – 2012.

Besichtigungen der Kirche können angemeldet werden in der lutherischen Gemeinde in Mühlhausen bei Frau Lena Kaatz, Tel.: 007 40156 39564 oder in der Propstei in Königsberg, Tel.: 007 4012 956112.[3]

Um die Kirche herum standen einst große Linden, von denen einige bereits zur Zeit Margarethes von Kuenheim existiert haben sollen, so sagte man. Davon ist nichts geblieben.