Unter der polnischen Oberhoheit residierte fortan der Starost in den Gemächern des Großkomturs, während der Hochmeisterpalast dem König vorbehalten blieb, dem man hier ab 1476 eine königliche Residenz eingerichtet hatte. Den größten Teil des Hochschlosses nutzte man als Kornspeicher bzw. als Magazin. Im Kapitelsaal tagten die polnisch-preußischen Landtage, in der Marienkirche vereidigte man die Senatoren. Das Mittelschloss nahm hochstehende Gefangene auf und beherbergte in der Großkomturei den regionalen Staatsschatz.

Sehr bald verschwand die Marienburg aus dem Blickpunkt des Interesses, unterbrochen lediglich 1626 bis 1629, als König Gustav Adolf von Schweden hier sein Quartier aufschlug. Von 1629 – 1635 stand die Burg unter kurbrandenburgischer Treuhandverwaltung. Im zweiten schwedisch-polnischen Krieg 1656 – 1660 waren die Schweden noch einmal in der Burg.

Im Jahr 1644 vernichtete ein großer Brand viele der Dächer der Marienburg. Unter dem seinerzeitigen Woiwoden Gerard Denhoo erfolgte jedoch umgehend der Wiederaufbau. Allerdings verloren die Dächer dabei an Höhe.

Nach seiner Krönung zum König von Polen nahm August der Starke 1698 die Marienburg in seinen Besitz. Als er jedoch im Verlauf des Nordischen Krieges (1700 – 1721) der polnischen Krone vorübergehend entsagen musste, hielt der Gegenkönig Stanislaus Lesczynski 1708 feierlich Einzug.

Insgesamt wurde in der polnischen Zeit der Wohnbereich der Burg in Ordnung gehalten, während die Befestigungsanlagen, da sie nicht mehr beansprucht wurden, zunehmend verfielen