Die erste Kirche in Pillkallen existierte vermutlich bereits 1559, denn es gab einen Beichtstuhl, in dem diese Jahreszahl eingeschnitzt war. Der ganzen Kreis besaß keine Kirche, die noch zur Ordenszeit entstanden war. Diese erste schlichte Fachwerkkirche wurde 1644 beim Durchzug von Schweden und Polen durch Ostpreußen niedergebrannt, jedoch bis 1650 wieder aufgebaut.

Als sich die Bauschäden häuften, war der Abriss unumgänglich. Ein einfacher Saalbau aus solidem Feldstein folgte nach rund 100 Jahren von 1756 – 1758 mit Sakristei im Osten, Ostgiebel mit Halbkreisfenster. 1910 erfolgte der Anbau eines Turms, der 1944 von deutschen Pionieren gesprengt wurde, um die Orientierung der Angreifer zu erschweren.

Die stark in Mitleidenschaft gezogene Kirche wurde nach 1945 abgetragen. Die Einrichtung ging verloren. Besonders bedauerlich ist der Verlust des erwähnten Beichtstuhls, des frühesten protestantischen Beichtstuhls Ostpreußens, eine Arbeit von Abraham Döring von 1559. Erhalten blieb das achteckige Taufbecken von 1651 auf dem Tanzplatz, der die Stelle der Kirche einnimmt.

Auf dem Standort der Kirche am Marktplatz befindet sich heute ein russisches Denkmal. Eine der Glocken, 1706 von Jacob Hessing in Königsberg gegossen, hat auf dem Glockenlager im Hamburger Hafen überlebt. Sie trägt die Gravur „Gloria in exelsis deo – Ehre sei Gott in der Höhe“ und läutet jetzt in der Martin-Luther-Kirche in Bad Orb, Spessart, zusammen mit einer Glocke aus der gleichen Zeit, die früher zur Kirche in Reichenstein in Schlesien gehörte. Ihre besondere Aufgabe besteht heute darin, zur Einsegnung der Konfirmanden und nach Bekanntwerden eines Sterbefalls zu läuten.

In der Memeler Straße gibt es noch eine Steinplatte von der evangelischen Kirche mit der Inschrift: „Jesus Christus gestern und heute derselbe auch in Ewigkeit“.

Der zweite Pfarrer von Pillkallen wohnte bis 1935 in einem Haus, das bis 1818 als reformierte Kirche gedient hatte.