Auf explizite Anordnung von Herzog Albrecht wurde 1555 in Kraupischken eine Kirche gebaut. Sie gehört damit zu den ältesten rein evangelischen Kirchengründungen in Ostpreußen. Damals war Augustin Jarmund Pfarrer und gleichzeitig Lehrer der Kraupischkener Kinder. Er übersetzte den Katechismus von Luther ins Litauische und stellte ein litauisches Gesangbuch zusammen. 1724 wurde als Patronatsherr neben dem Gutsbesitzer des Gutes Breitenstein der Kapitän von Katte genannt. Der war Gutsherr im nahen Raudonatschen.

Bis 1721 war das Patronat königlich gewesen. Von da ab bis 1742 war Kapitän von Katte, später Feldmarschall, Kirchen- und Lehnspatron. Ihm und seinen Erben war durch Reskript vom 4.10.1721 das jur patronatus verliehen. Als von Katte Raudonatschen an den russischen Major von Ozymblowski verkaufte, behielt er sich das Patronatsrecht vor. Nach seinem 1742 erfolgten Tode wurde die Kirche aber wieder königlich.

1740 brannte die Kirche samt Pfarrhaus ab und wurde erst 1772 wieder aufgebaut – zunächst ohne Turm. Die Kanzel aus der alten Kirche, die aus der Zeit des Großen Kurfürsten im 17. Jh. stammte, hatte man noch rechtzeitig retten können. Der Turm, der heute als wesentlicher Bestandteil der Kirche übrig geblieben ist, wurde erst 1893 hinzugefügt.

1953 entzündeten Kinder die bereits bei der Eroberung Ostpreußens durch die Rote Armee beschädigte Kirche, die aber wohl noch als Strohlager genutzt werden konnte, an. Das Gebäude brannte bis auf die Grundmauern nieder und verfiel weitgehend. Über dem Eingang zum Turm, der noch in den Himmel ragt, kann man auf einer Tafel lesen: „Ein feste Burg ist unser Gott“. Das Kriegerdenkmal an der Kirche wurde 1976 zerstört. Bei seiner Demontage entdeckte man in einer Kapsel Dokumente, die der Schuldirektor in Verwahrung nahm.

Am Turm der Kirchenruine hängt seit 1997, erneuert 2004, ein helles Holzkreuz, das von der russischen Tischlereibesitzerin Ludmilla Golwismima gespendet wurde.