Die erste Kirche in Gilgenburg, ein einschiffiger Ordensbau mit dreiseitigem Chor, wurde im 2. Drittel des 14. Jhs. errichtet, um 1600 renoviert, 1724 um die Seitenschiffe mit Emporen erweitert und dabei neu ausgestattet. Der Westgiebel wurde unter Leitung des Bauinspektors Valentin aus Mohrungen 1842 neu gestaltet und der Chor1896 erhöht, sodass nur sein unteres Mauerwerk noch aus der Ursprungszeit stammt. Als Kirchturm dient ein Turm der Stadtbefestigung aus dem 14./15. Jh. Ebenfalls aus der Ordenszeit stammt noch die Sakristei auf der Nordseite, 2jochig mit Kreuzgewölbe. Das Erbbegräbnis der Familie Finck v. Finckenstein an der Nordseite des Chors ist von 1697.

Die Holzdecke wurde um 1730 eingezogen und bemalt, wobei der Mittelteil die Beschneidung und Taufe Christi darstellt.

Ausstattung:

• Die Herrschaftsloge in halber Höhe der Nordwand, der sog. Grafenchor, mit bemalten Füllungen und Schnitzarbeiten entstand 1724
• Kanzelaltar und Beichtstuhl schuf Joachim Kapitzki ca. 1725
• Orgel von Mathias Brandtner aus Thorn, 1726
• Der Taufengel ist vermutlich eine Arbeit aus der Werkstatt von Christian Klodsseys von 1681
• Epithaphien: Ludwig v. Finck, gest. 1635; Friedrich v. d. Oelsnitz , gest. 1553 – eingraviert irrtümlich 1554; dessen Enkel Karl v. d. Oelsnitz. Halbfiguren in einfacher Steinmetzarbeit

Die Kirche wird heute von der evangelischen und der methodistischen Gemeinde gemeinsam genutzt. Das Pfarrhaus wurde 1914/1915 gebaut. Teile der Stadtmauer sind neben der evangelischen Kirche erhalten

Die von Anfang an katholische Kirche ist ein neogotischer Bau aus gesprengten Granitblöcken von 1863 – 1865. Die Inneneinrichtung ist eine Arbeit von Richard Weiß aus Elbing 1887.