Die Kirche des Dominikanerklosters nördlich der Nicolaikirche ist als Gebäude wiederhergestellt und dient heute als Galerie.

Klöster gab es im Ordensland selten, denn die missionarischen und seelsorgerischen Aufgaben nahmen die Ordensbrüder für sich selbst in Anspruch. Die Dominikaner gehörten zu den Bettelorden und diese wurden schon mal ausnahmsweise geduldet. Nach dem Einzug der Reformation in Elbing löste man 1552 das Dominikanerkloster auf. Die beiden letzten Mönche übergaben die Gebäude der Stadt gegen die Zusage ihrer lebenslänglichen Versorgung und diese richtete hier eine evangelische Pfarrkirche ein.

Die Dominikaner erhielten die Baugenehmigung 1246. Von diesem Erstbau sind noch Fragmente erhalten. Auch entspricht der Chor der Marienkirche in seiner Bauweise den Architekturformen, die zu jener Entstehungszeit üblich waren und damit zählt er zu den ältesten Baukörpern Ostpreußens. Das Kirchenschiff aber, ursprünglich 1320 – 1330 errichtet, geht auf einen Neubau zurück, der nach Zerstörungen bei einem Stadtbrand 1504 erforderlich wurde. Der Bau hat nach Dominikanersitte keinen Turm und ist in zwei Schiffe eingeteilt, deren einst schöne Netzgewölbe dem 2. Weltkrieg zum Opfer fielen.

Die meisten Teile der Innenausstattung verbrannten im Krieg. An seinem alten Platz hängt noch das halbwegs erkennbare Spätrenaissance-Grabrelief des Bürgermeisters Johann Jungschulz von 1631. Die an der nördlichen Kirchenwand ausgestellten Grabsteine und Epitaphien stammen z. T. aus dem Kreuzgang, der sich an der Nordseite der Kirche befindet und von dem nur Ruinen geblieben sind. Darunter befinden sich Grabplatten englischer Kaufleute, so der für die Familie Smyth von Querdley von 1661 und für Werner und Gerhard Wesseling, 1395 – 1405.

Eine Schreinmadonna der Kapelle in der Elbinger Ordensburg von ca. 1400, die seit etwa 1500 zur Ausstattung der Marienkirche gehörte, ist heute im Ostpreußischen Landesmuseum in Lüneburg zu bewundern. Sie war im 2. Weltkrieg in einem thüringischen Salzbergwerk eingelagert, gelangte in die Scheune eines Bauern, der sie 1948 der katholischen Kirche in Vacha übergab. Erst nach der Wende erkannte man ihren Wert und ihre Identität. Die Union Evangelischer Kirchen in der EKD, inzwischen offenbar Eigentümer geworden, stellte sie dem Museum als Dauerleihgabe zur Verfügung.