Von den 1731/32 von Erzbischof Firmian ausgewiesenen Salzburgern protestantischen Glaubens wurden 16.000 Salzburger auf Betreiben von König Friedrich Wilhelm I. in Ostpreußen mit Schwerpunkt in Gumbinnen angesiedelt. Hier ließ der König 1740 das Salzburger Hospital gründen und unter seinem Sohn entstand die Salzburger Kirche.
Neubau der Salzburger Kirche 1839 – 1840 anstelle einer Anlage von 1752 – 1754, die 1838 wegen Baufälligkeit abgetragen werden mußte; einfacher, spätklassizistischer Saalbau unter Schinkel-Einfluß. Die neue Kirche wurde am 15. Oktober 1840 eingeweiht. Im Januar 1945 wurden die Salzburger Anstalt und Kirche bei den schweren Kämpfen um Gumbinnen stark beschädigt. Anschließend nutzte die russische Straßenbauverwaltung die Kirche – ohne Turm, mit einem notdürftigen Dach versehen – als Kfz-Ersatzteillager.
In neuerer Zeit gelang es, die russischen Behörden dafür zu gewinnen, das Kirchlein zu restaurieren und zu einer deutsch-russischen Begegnungsstätte zu machen sowie als Gotteshau der Ev.-Luth. Gemeinde zu nutzen, wobei ein kleines Salzburger Museum, eine Bibliothek und eine Sozialstation vorgesehen wurden. Das Bundesministerium des Innern beteiligte sich mit 1 Mio DM an den dabei entstehenden Kosten von 1,3 Mio DM, wobei lokale Unternehmen und Materialien zum Einsatz kamen. Der Westdeutsche Salzburger Verein stiftete etliches Baumaterial, z. B. echten Schiefer für den Turm, kupferne Dachrinnen und Fallrohre. Federführend für die Restaurierung war die Architektin Dorothea Ossenberg-Engels.
Am 31. 10. 1995 wurde die Salzburger Kirche in Gumbinnen in Anwesenheit des Vertreters der Stiftung Salzburger Anstalt Gumbinnen, kirchlicher Würdenträger aus Nordostpreußen und Deutschland sowie des Abgesandten des BMI feierlich eingeweiht. Als Symbol des Fortbestands pflanzte man vor der Kirche ein Apfelbäumchen. In der Ostwand des Chors ist eine Glasmalerei eingefügt, die eindrucksvoll die Vertreibung der Salzburger im Jahr 1731/32 zum Thema hat.
Die Stiftung Salzburger Anstalt Gumbinnen, die bis 1945 in Gumbinnen tätig war, nahm nach dem 2. Weltkrieg in Bielefeld ihre Tätigkeit wieder auf und konnte so 1990 ihr 250jähriges Bestehen feiern. Die Gebäude der Saluburger Anstalt in Gumbinnen, dem heutigen Gusev, existieren nicht mehr, aber die Eiche, die man 1882 im Hof der Anstalt zum Gedenken an die vertriebenen Salzburger pflanzte, hat überlebt. In Fortführung der karitativen Aufgaben der Anstalt errichtete man 1998 unmittelbar neben der Kirche eine Diakoniestation, das Haus Salzburg.
