Die St. Annenkapelle unterhalb des Chors der Marienkirche, vom Burggraben des Hochschlosses aus zugänglich, hatte die Funktion einer Krypta für die sterblichen Überreste der Hochmeister. Als Westwand dient die alte Außenmauer des ersten Konventshauses. Mit dem Bau begann man 1331 und 10 Jahre später wurde der erste Hochmeister, Dietrich von Altenburg, hier begraben.

Die Lage des Baues vor dem Parcham bedingte, dass die Kapelle zugleich Durchgangsraum wurde, um mögliche Verteidigungsmaßnahmen nicht zu behindern. Deshalb liegen Nord- und Südportal, die im Übrigen wie die Goldene Pforte relativ gut über den Krieg gekommen sind, genau gegenüber und ermöglichten so den schnellen Zugang zum Parcham. Die Figuren der Portale weisen eine engeVerwandtschaft zur Elisabethkirche in Marburg auf. Die Figuren der klugen und törichten Jungfrauen haben dagegen Vorbilder in den Domen von Magdeburg und Erfurt, die der siegreichen Kirche und der besiegten Synagoge im Dom von Straßburg und dem Münster von Freiburg.

Die Bestattungsriten orientierten sich an den Usancen im Heiligen Land und die gingen auf die Grablegung Christi zurück. Die Leiche des Hochmeisters wurde nackt, nur in einen Mantel gehüllt, in der Gruft auf einem Katafalk niedergelegt und mit einer Grabplatte zugedeckt. Nach dem Tod des Nachfolgers verwahrte man die Gebeine in einer schachtartig gemauerten, nicht sehr großen Gruft, die sich im Ostteil des Kapellenraums, nahe dem ehemaligen Hauptaltar, in der alten Wehrmauer befand.[1] Es haben sich drei symbolische Grabsteine der elf hier begrabenen Hochmeister erhalten: das von Ulrich von Jungingen, seinem Nachfolger Heinrich von Plauen (1410 – 1413, gest. 1429) sowie der des 1341 hier zuerst beigesetzten Hochmeisters Dietrich Burggraf von Altenburg(1335 – 1341). Von weiteren 8 Hochmeistern, die hier begraben wurden, ist keine Erinnerungstafel erhalten.

Es wurden hier insgesamt beigesetzt:
Dietrich Burggraf von Altenburg, gest. 1341,
Hinrich Dusemer, gest. 1353,
Winrich von Kniprode, gest. 1382,
Conrad Zöllner von Rotenstein, gest. 1390,
Conrad von Wallenrodt, gest. 1393,
Conrad von Jungingen, gest. 1407,
Ulrich von Jungingen, gefallen 1410,
Heinrich von Plauen, gest. 1429,
Michael Küchmeister von Sternberg, gest. 1422,
Paul von Rusdorf, gest. 1441,
Conrad von Erlichshausen, gest. 1449
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Die Gebeine dieser Hochmeister wurden während der napoleonischen Kriege nach Königsberg überführt und feierlich im dortigen Schloss beigesetzt. Die sterblichen Hüllen der Gebietiger des Ordens wurden auf dem östlichen Parcham vor dem Südportal begraben[2] Hochmeister wie Gebietiger wurden wie die normalen Priesterbrüder nackt, ohne Sarg, nur in ihren Mantel gehüllt, beerdigt und es gab keine Grabsteine. Die Gräber im Parscham wurden schon 1457 zerstört, als die nach verwertbaren Schätzen suchenden Söldner auch vor diesen Ruhestätten nicht Halt machten. Aber 1890 fand man noch einige Gebeine vor.

Die Annenkapelle war wie die darüberliegende Kirche im 2. Weltkrieg arg zerstört und wird restauriert.