Im Zuge des Umbaus zur Hochmeisterresidenz behielt das Hochschloss seine Außenmauern, bekam jedoch 1334 – 1344 ein stark verändertes Innenleben. Im Nordosten wurde ab 1331 im unteren Bereich die St. Annenkapelle dem vorhandenen Baublock des Nordflügels vorgesetzt und darüber die Marienkapelle entsprechend nach Osten erweitert, um 50 neuen Chorherren Platz zu schaffen. Neben der Marienkapelle befindet sich der Kapitelsaal.
Im Ostflügel waren die Schlafräume für die Brüder sowie im Dach Kapazitäten für Speicher untergebracht. Heute wird dieser Flügel vom Museum der Marienburg eingenommen. Neben vielen Schaustücken aus den Räumlichkeiten der Burg und aus der Marienkapelle wird hier auch der Altarschrein aus der ehemaligen Adalbertkapelle bei Tenkitten im Samland ausgestellt, der 1504 vom Hochmeister Friedrich von Sachsen gestiftet und in Königsberg angefertigt worden war und die Krönung Marias darstellt. Er war längere Zeit in der Bartholomäuskapelle des Mittelschlosses untergebracht.
Der Südflügel beherbergte Speise- und Aufenthaltsräume sowie weitere Lager- und Aufbewahrungsmöglichkeiten. Im Westflügel gab es unten die große Konventküche und darüber 3 Gebietigerwohnungen, so für den Hauskomtur und den Treßler mit dem Schatztresor.
Von der Südwestecke aus führt ein gedeckter Gang zum Danzker. Die Entstehung des Namens ist wohl so zu erklären, dass er auf der Danziger Seite der Burg lag. Erst später wurde der Name dieses Turmes zum allgemeinen Fachausdruck für den “locus nature necessarius”, oder die Kammern der Privoisen, die schon in den Ordensgesetzen genannt werden, also für die Aborte. Unter dem Marienburger Danzker floss früher der Mühlenbach, der den Unrat abtransportierte.
Zwischen Hoch- und Mittelschloss befand sich ein wasserführender Wehrgraben, über den eine Zugbrücke führte, denn das Hochschloss musste im Notfall allein verteidigt werden und völlig autark sein können. Das Portal zum Durchgang in den Innenhof des Hochschlosses und viele Bestandteile des Nordflügels gehören zum ältesten Baubereich der Burg. Seine fast 14 Meter hohe Portalnische hat Vorbilder in syrischen und byzantinischen Bauten und ist eine Reminiszenz an die orientalische Zeit des Ordens. Neben der Tordurchfahrt waren zwei Pförtnerlogen eingerichtet.
Um den Hof herum führt ein zweigeschossiger, im Süden dreigeschossiger Laubenumgang. Im Erdgeschoss gingen die vielen Türen zu Wirtschaftsräumen und Kellergeschossen. Hier lagen die zentrale Heizungsanlage für die oberen Räume, die Küche (im Westflügel), das Archiv und Gefängniszellen. Wenn man vom Mittelschloss in den Brunnenhof hineinkommt, befindet sich links eine Kammer. Hier wurde der Litauerfürst Kynstut 1361 gefangen gehalten, bevor ihm Bruder Alf, ein getaufter Litauer, zur Flucht verhalf.
Der Kesselbrunnen in der Hofmitte ist 16,4 m tief. Das Brunnendach wurde schon im Mittelalter von einem Pelikan geschmückt, einem christlichen Symbol gläubiger Liebe: nach dem “Physiologus”, einem im 2. Jh. erschienenen Tierbuch, riss sich die Pelikanmutter die Brust auf, um ihre toten Jungen wieder zum Leben zu erwecken und deshalb galt der Pelikan insbesondere seit dem 13. Jh. als Symbol der Auferweckung durch das Opfer Christi. Daneben ist er aber auch Symbol hingebungsvoller Mutterliebe: der Pelikan reißt sich die Brust auf, um in höchster Not seine Jungen zu tränken. 1724 wurde das Brunnenhaus als völlig verwahrlost geschildert und erst später unter Steinbrecht wieder rekonstruiert.
Der 44,5 m hohe Turm des Hochschlosses südlich der Kapelle, im Ursprung von 1344, der mehr der Beobachtung der Umgebung und als Glockenturm diente, wurde beim Wiederaufbau nach dem 2. Weltkrieg wieder in seine mittelalterliche Gestalt gebracht. Der Pfaffenturm neben der Annenkapelle beherbergte einst Wohnräume für Geistliche.
