Zu den wenigen originalen Überresten der Altstadt gehört St. Nicolai, die Kirche der Kaufleute und Schiffer. Sie wurde ab 1238 oder1240 als dreischiffige Basilika in Stein errichtet. Aus dieser Zeit stammen vermutlich die Grundmauern des Chors und die beiden östlichen Pfeilerpaare des Mittelschiffs. Erweiterungen nahm man im Zeitraum 1340 – 1355 vor, die ursprünglichen Westtürme kamen um 1380 hinzu.

Im 15. Jh. wandelte man das Gotteshaus um in eine Hallenkirche, wobei sie eine äußerliche Ähnlichkeit mit der Marienkirche in Danzig entwickelte. Die Kapellen in den Seitenschiffen stifteten in dieser Zeit reiche Elbinger Bürger.

Ein großer Stadtbrand 1777, ausgelöst durch ein Frühlingsgewitter, brachte auch für die Nicolaikirche schwere Beschädigungen, vor allem an den Gewölben. Einige der Gewölbe stellte man danach nicht wieder her. Den Chor und die Seitenschiffe passte man durch Erhöhung der Außenwände der Höhe des Mittelschiffs an und überdachte die drei Schiffe durch geradlinige Satteldächer. Nachdem ein anderer Blitz 1786 den Turm – genannt der „Grüne Turm“ – zerstört hatte, trug man die Westfassade ab und errichtete erst wieder 1907 einen 95 m hohen Turm im Zeitgeschmack. Bei der Restaurierung nach dem 2. Weltkrieg wurde der Turmhelm wieder nach den Plänen von 1603 für den damaligen Mittelturm, den „Grünen Turm“, rekonstruiert.

Die beiden Hauptportale im Norden und im Süden zeigen noch den mittelalterlichen Schmuck aus Formsteinen, Terrakotten und Glasurziegeln.

An der Nordseite des dreischiffigen Chors befindet sich die Marienkapelle von ca. 1350 mit Sterngewölben, auf der Südseite die Sakristei von etwa 1400, darüber eine Empore von 1403 mit Sterngewölben.

Im südlichen Kirchenschiff legte man 1925 Wandmalereien frei – eine Kreuztragung und eine Kreuzigungsszene, die aus der Zeit um 1390 stammen, sowie die Marienklage von etwa 1400.

Ausstattung:

• eine bronzene Taufschale auf Löwenfüßen, die 1387 Meister Bernhuser angefertigt hatte, blieb unversehrt erhalten
• “Thriumphkreuz” von vor 1410
• Die Renaissancekanzel fertigte 1588 der Bildhauer Clemens Grunau (aus der Marienkirche)
• An den Pfeilern des Mittelschiffs sind die Figuren der 12 Apostel angebracht. Diese bildeten früher eine Gruppe von Aposteln, die um 1405 der Probst Nicolaus Wulsach in einer Danziger Werkstatt bestellt hatte, von der man vermutet, dass sie unter der Leitung des flämischen Bildhauers Jan van der Watten stand
• Lebensgroße Holzfigur des St. Nicolaus, um 1405
• Reliquienkreuz aus der Kapelle der alten Ordensburg, um 1411 in Elbing gearbeitet, 1971/72 restauriert
• Wandgrabmal für Valentin Bodecker, gest. 1575, mit den Figuren der Klugheit und der Gerechtigkeit
• ehemaliger Hauptalter der Marienkirche, ca. 1520
• einen gotischen Schrankaltar stifteten die Mälzenbrauer 1511 (früher Marienkirche). Dessen Malereien könnten von einem Schüler Dürers stammen;
• der Dreikönigsaltar, ein Schreinaltar mit den hl. Drei Königen im Mittelteil, wurde von dem Künstler Schofstein um 1510 geschnitzt. Im linken Altarflügel die Verkündigung und die Geburt Christi, im rechten Altarflügel die Heimsuchung und die Beschneidung Christi. In der Predella Büsten von Heiligen (aus der zerstörten ev. Pfarrkirche Hl. Drei Könige)
• neogotischer Altar „Kreuzigung“ aus der ehemaligen evangelischen Kirche von Cadinen, um 1890, gestiftet von Kaiser Wilhelm II.
• Altar der Weichselfahrer von 1510 (früher in St. Marien) mit den hl. Drei Königen im Schrein und den Aposteln auf den Flügeln.
• vom Altar der Schuhmachergesellen blieben zwei bemalte Flügel erhalten;
• Der nicht mehr vorhandene Hochaltar war ein Neubau, der nach dem Brand 1777 durch Christian Benjamin Schulz aus Heilsberg entstand. Er enthielt aber noch die vor dem Verbrennen geretteten Figuren des vorhergehenden Altars, den 1754 Christoph Perwanger aus Tirol geschaffen hatte