Trotz der Nutzung der Marienburg durch die Polen waren im Laufe des 17. und 18. Jhs. Verfallserscheinungen nicht zu übersehen. Die Schäden des großen Brandes 1644 im Hochschloss, der vor allem die Deckengewölbe geschädigt hatte, wurden so z. B. 60 Jahre lang nicht behoben.

Als nach der ersten polnischen Teilung 1772 die Preußen Besitzer wurden und umgehend eine Infanteriekaserne einquartierten, verschlimmerte sich dieser Zustand noch. Unter Leitung des Architekten David Gilly, der eigentlich den Gesamtabriss bevorzugte, was nur an den hohen Kosten scheiterte, wurden Umbaupläne verwirklicht, die neue Nutzungen zuließen: Meisters Großer Remter wurde Exerziersaal, in den Sommerremter baute man 10 Wohnungen für Weberfamilien ein, die restlichen Räume des Hochmeisterpalastes wurden Weberwerkstatt. Aus dem Hochschloss, zunächst eine Kaserne, machte man später ein Mehlmagazin. Die schadhaften Gewölbe des Hochschlosses wurden – bis auf die der Marienkirche – herausgerissen und durch Holzdecken ersetzt.

Napoleon ließ während der Besetzung Preußens die Marienburg als militärischen Stützpunkt reaktivieren, die schwedischen Erdumwallungen vor den Mauern erneuern und Häuser in der Vorstadt abbrechen. Die Schlossanlagen dienten als Magazin und als Spital, Meisters großer Remter wurde Pferdestall, die Räumlichkeit davor Feldschmiede. Als die Franzosen in Russland geschlagen zurückfluteten, passierten die restlichen Soldaten der Grande Armee unter Führung von König Murat, Schwager Napoleons, im Januar 1813 ein letztes Mal die Marienburg.

Die fortschrittlichen Intellektuellen des ausgehenden 18. Jhs. und die Romantiker des 19. Jhs. erkannten die Bedeutung der Marienburg als nationales Kulturerbe. Die Instandsetzung wurde von bedeutenden preußischen Persönlichkeiten unterstützt. Angeregt durch die zunehmende Publizität ordnete König Friedrich Wilhelm III. 1804 die Restaurierung an und man begann 1817 mit der Wiederherstellung des Mittelschlosses.

• Friedrich Gilly (1772 – 1800), dessen Vater die Burg am liebsten abgerissen hätte, hielt 1794 den desolaten Zustand der eindrucksvollen Bauten der Marienburg in etlichen Zeichnungen fest. Diese wurden in Berlin ausgestellt und fanden so große Beachtung, dass ein Abriss nicht mehr zur Diskussion stand
• Einen wesentlichen Anstoß zur Rekonstruktion der Marienburg gab 1803 der spätere Dichter der Freiheitskriege Max von Schenkendorff in einem Aufruf in der Berlinischen Zeitung. Sein Aufruf trug wesentlich dazu bei, dass König Friedrich Wilhelm III. 1804 die Erhaltung der Burg befahl.
• Politisch hat der Oberpräsident von Ostpreußen Theodor von Schön die Rekonstruktion der Marienburg gefördert. Bis zur Mitte des 19. Jhs. wurden fast 150.000 Taler verbaut, wovon die Hälfte von Privatpersonen und Institutionen aufgebracht wurde.
• Als Leiter der Oberbaudeputation war Karl Friedrich Schinkel 1817 – 1842 mit der Restaurierung der Marienburg befasst.
• 1823 gab der damalige Kronprinz, späterer König Friedrich Wilhelm IV. ein romantisches Einweihungsfest auf der Marienburg, zu welchem Anlass auch ein Eichendorff-Gedicht aufgesagt wurde
• Joseph Frhr. v. Eichendorff (1788 – 1857) engagierte sich seit den 20er Jahren des l9. Jhs., als er kommissarischer Konsistorial- und Schulrat in Marienwerder war, für den Wiederaufbau des Ordensschlosses. Der Kampf Heinrichs von Plauen um den Erhalt des Ordensstaates inspirierte Eichendorff zu dem Trauerspiel “Der letzte Held von Marienburg” (1830). Über die erste Phase der Rekonstruktionsarbeiten bis 1842 verfasste er die Schrift “Die Wiederherstellung des Schlosses der deutschen Ordensritter zu Marienburg” (1844).
• 1850 veröffentlichte der erste amtliche preußische Denkmalspfleger, Ferdinand von Quast (1807 – 1877), Untersuchungen über die Baugeschichte der Marienburg. Quast hatte sich vehement dafür eingesetzt, dass Eingriffe in die Bausubstanz erst nach entsprechenden architektonischen und archäologischen Untersuchungen statt zu finden hätten. Mit der Umsetzung der so gewonnenen Erkenntnisse wurde dann Konrad Steinbrecht beauftragt.
• Die umfangreichere zweite Wiederaufbauphase dauerte von 1882 – 1921 und stand unter der Leitung des Oberbaurats, Konservators und Kunsthistorikers Konrad Steinbrecht (22. 9. 1849 – 3. 7. 1923). Nach vorbereitenden Arbeiten, die u. a. darin bestanden, die Schuttberge in Hof und Burggraben – wie er es in Olympia gelernt hatte – aufzugraben und zu analysieren, um Hinweise auf die originale Bauausführung zu erhalten, wurde das Hochschloss 1886 – 1896 restauriert. Dabei entdeckte man etliche Wandgemälde in der Marienkirche und dem Kapitelsaal und legte sie frei. Später ließ er es zu, dass einige Wände im Refektorium des Hochschlosses, in Meisters Großem Remter und in der St. Annenkapelle mit Historiengemälden im Zeitgeschmack ausgestattet wurden. Konrad Steinbrecht war es auch, der 1892 die Waffensammlung des Barons von Blell für die Marienburg erwerben ließ (siehe Bogatynskie – Tüngen, Kreis Braunsberg)
• Von 1922 – 1939 leitete Bernhard Schmid (1872 – 1947), Schüler von Steinbrecht, die Rekonstruktionsarbeiten.

Im 2. Weltkrieg war Marienburg vorrübergehend Hauptquartier der im Rückzug befindlichen 2. deutschen Armee. Die Soldaten der beiden Marienburger Infanterie-Ersatzbataillone und einige andere Einheiten unter der Führung von Major Karl Mickley, insgesamt 2.500 Mann, hatten sich in der Burg verschanzt und verteidigten vor allem die Nogatbrücken bei der Marienburg vom 25. Januar bis zum 9. März 1945 gegen 2 sowjetische Infanteriedivisionen und ein Panzerregiment. Ihr Hauptauftrag bestand darin, die Übergänge über die Nogat möglichst lange für die vorbeiströmenden Flüchtlingstrecks passierbar zu halten. Das schafften auch Tausende von Flüchtlingen. Der Strom verebbte jedoch bald wegen des Vormarschs der Roten Armee.

Dennoch blieb Marienburg noch längere Zeit ein deutscher Brückenkopf und bewirkte, dass der Durchbruch der sowjetischen Armee bis vor die Tore von Danzig um etwa 6 Wochen verzögert wurde und entsprechend viele Flüchtlinge mehr gerettet werden konnten. Im Ergebnis wurde leider das Schloss Marienburg, in das sich die deutschen Verteidiger zurückgezogen hatten, auf seiner Ostseite umfassend zerstört. (Literatur siehe Gustav Fieguth “Marienburg 1945”, Literaturverzeichnis Stadt Marienburg)

Die Polen haben nach dem 2. Weltkrieg sehr intensiv an der Wiederherstellung der Burg gearbeitet und tun dies heute noch. Zwischendurch waren sie allenfalls gebremst durch Brandschäden im September 1959. Um die Bevölkerung für den Wiederaufbau und die Restaurierung zu gewinnen, erklärte man die Marienburg kurzerhand zum polnischen Königsschloss. Damit wurde die Rekonstruktion zur nationalen Aufgabe und im Ergebnis ist die Marienburg, zumal im Äußeren, in alter Schönheit wiedererstanden. Einige Innenräume harren noch der Vollendung.

Im Dezember 1997 wurde die Marienburg in das Verzeichnis des Weltkulturerbes der UNESCO aufgenommen. Mit der Wiederherstellung der Marienkirche einschließlich der hohen Marienfigur an der Außenwand des Ostchors wurden die Arbeiten 2016 abgeschlossen.