Im Friedensvertrag von Krakau 1525 blieb der Besitzstand des Ordensstaates erhalten und Albrecht wurde als erblicher Herzog von Preußen anerkannt. Aber Ostpreußen gehörte nicht mehr dem Deutschen Orden. Der verfügte zwar noch über erhebliche Latifundien in Europa, musste nun aber zusehen, wie er ohne seinen Hauptbesitz zurecht kam. Die jetzt vakante Führung des Ordens übernahm der bisherige Deutschmeister Walter von Cronberg. Er verlegte die Ordensresidenz nach Mergentheim und nahm 1530 den Titel “Hoch- und Deutschmeister” an.
Ungeklärt blieb zunächst die Ordensbesitzung Livland. Herzog Albrecht kümmerte sich nicht darum, der Hoch- und Deutschmeister konnte andererseits nicht durchsetzen, das ihm das Land unterstellt wurde. Knapp 30 Jahre nach Entstehen des Herzogtums Preußen teilte man das baltische Land auf. Estland ging an Schweden, Livland an Polen-Litauen, Ösel und Teile von Kurland an Dänemark und das südliche Livland mit Kurland und Semgallen als erbliches polnisches Lehen an den bisherigen Landmeister des Ordens, Gotthard Kettler, den man 1562 zum Herzog beförderte.
Das 16. Jahrhundert brachte für den Orden schwere Zäsuren. Nicht nur das preußische Ordensland und Livland waren verloren, auch aus weiteren Provinzen musste sich der Orden zurückziehen. Die Reformation brachte es mit sich, dass Ordensbesitzungen evangelisch wurden. Einige Ordensritter und Ordensbrüder wechselten zu den neuen Bekenntnissen über und bald gab es katholische, lutheranische und kalvinistische Mitglieder des Deutschen Ordens nebeneinander. So kam es zur beispiellosen Situation, dass unter einem katholischen Hochmeister die Ritter und Priester dreier Konfessionen weiterhin ihren Dienst versahen. Diese Phase der Ordensgeschichte wird als die Zeit der Trikonfessionalität bezeichnet.
Im 17. Jh. wurde die Verbindung vom Orden zum Haus Habsburg immer enger. Dem Kampf an der Seite der kaiserlichen Truppen gegen die Türken galt bald ein großer Teil der Mittel und der Kraft des Deutschen Ordens im 17. und im 18. Jahrhundert. Zwischen 500 und 1.000 Mann stellte der Deutsche Orden regelmäßig für die Truppenkontingente gegen die Türken. Nach den Türkenkriegen erhielten in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts die rein weltlichen Aufgaben der Ritterorden immer größere Bedeutung. Nach außen hin zeigte sich jetzt der barocke Glanz des Deutschen Ordens in neugebauten Schlössern und im Ausbau der Komtureien zu herrschaftlichen Gutsbesitzungen. Die Priesterbrüder kümmerten sich aber weiterhin um Seelsorge und um die Verwaltung der Kirchen und Pfarreien.
Das Zeitalter Napoleons brachte wieder schweres Fahrwasser für den Orden. Er wurde 1809 in allen Staaten des Rheinbunds verboten, seine Besitzungen in den napoleonischen Gebieten aufgehoben und der jeweiligen Landesherrschaft unterstellt. Dem Orden verblieben nur die Balleien Österreich und Utrecht. Der Hochmeister verlor bereits im Frieden von Pressburg 1805 seinen Status als geistlicher Reichsfürst. Das Wahlrecht der Ordensmitglieder erlosch. Seitdem wurde der Hochmeister vom österreichischen Kaiser aus dem Kreis seiner Familie benannt. Die verbliebenen Ordensritter, kaum 60 an der Zahl, erhielten Pensionen.
Mit dieser politisch erzwungenen Entwicklung hatte auch die Trikonfessionalität ihr Ende gefunden, der Orden war wieder ein rein katholischer Orden. Kaiser Franz und der Staatskanzler Metternich gaben dem Orden ab 1839 eine neue Rechtsgrundlage, der Orden gab sich neue Statuten und hieß nun für acht Jahrzehnte Deutscher Ritterorden. Die Hochmeister waren Erzherzöge von Österreich.
Nach dem Untergang der Österreichisch-Ungarischen Monarchie wurde auf Grund der politischen Wirrnisse und der Aufsplitterung der Ordensbesitzungen in nunmehr sechs Staaten der Ritterorden vom Hochmeister Erzherzog Eugen in einen geistlichen Orden umgewandelt, dem seit 1923 ein Priester als Hochmeister vorsteht. Der Orden besteht heute aus drei Zweigen, den Priestern, den Schwestern und den Laien – den sogenannten Familiaren.
1938 wurde von den nationalsozialistischen Machthabern der Orden in Österreich verboten und die Ordensbesitzungen unter die Verwaltung des Deutschen Reiches gestellt. In dieser Zeit übernahm die nationalsozialistische Propaganda einige Symbole des Ordens für die eigene Selbstdarstellung, so z.B. das 800 Jahre alte Deutschordens-Kreuz, Der Orden konnte nichts dagegen unternehmen, denn er war ja verboten. Das Plagiat der Nazis wirft jedoch seine Schatten auf den Orden bis in unsere Tage.
Nach dem 2. Weltkrieg wurden mit der Machtübernahme der Kommunisten in der Tschechoslowakei und im damaligen Jugoslawien die nationalsozialistischen Enteignungen im wesentlichen gutgeheißen und die meisten Ordensbesitzungen gleich wieder in staatliche Verwaltung überführt, Klöster und Schulen aufgelassen oder der Kommunistischen Partei übergeben. Nur die österreichischen Besitzungen wurden dem Orden 1947 von der Republik Österreich zurückerstattet.
Erst nach der sogenannten “samtenen” Revolution vom Spätherbst 1989 in der damaligen Tschechoslowakei und der neuen staatlichen Selbständigkeit von Slowenien konnte sich der Deutsche Orden dort der Wiedererstehung des Ordenslebens widmen und erhielt beachtlichen Zulauf.
Der Sitz des Hochmeisters, das Museum (die Schatzkammer) des Deutschen Ordens, das Zentralarchiv und das Hochmeisteramt befinden sich heute im Deutsch-Ordens-Haus in Wien. Es stellt das Zentrum eines kleinen, aber intensiv wirkenden Ordens dar, der heute in vielen Gebieten Mitteleuropas seine geistliche Tätigkeit entfaltet. Aktuell 2010 besteht der Deutsche Orden aus 63 Priestern, 11 Ordensbrüdern, 4 Novizen, 9 Oblaten, 154 Ordensschwestern und 744 weltlichen Personen.
Siehe auch: http://www.deutscher-orden.at/