Mühlen entstand zusammen mit den Orten Ganshorn und Thymau auf dem 200 Hufen großen Gelände, das der Christburger Komtur Luther von Braunschweig 1329 einem Nicolaus von Cobelau zur Kolonisierung übergab. Mühlen erhielt 1333 seine Handfeste. Der Landwirtschaftsbetrieb des Dorfes, zu dem eine Brennerei gehörte, befand sich am Anfang des 19. Jhs. im Besitz von Ahasverus von Brandt (1758 – 1822). Später kam er als Domäne in staatlichem Besitz und wurde verpachtet. Letzter deutscher Pächter war Oberamtmann Hermann Bertram.

Es gab schon vor 1410 eine Ordenskirche. Die Franzosen, die sich 1807 längere Zeit hier aufhielten, nutzten die kleine Kirche als Kaserne und demolierten nicht nur die Einrichtung. Wegen Baufälligkeit musste deshalb das Gotteshaus 1817 abgerissen werden. Den Bemühungen des Gutsbesitzers Friedrich August von Wernitz war es zu verdanken, dass das Kirchspiel Mühlen erhalten blieb und 1862 mit dem Bau einer neuen Kirche begonnen wurde. Am 6. 11. 1864 konnte sie eingeweiht werden. Die Glocken hingen in einem Glockenstuhl neben der Kirche.

Als Friedrich Wilhelm IV. sich 1842 auf seiner Rückreise aus Russland in der Gegend aufhielt, um das Schlachtfeld von Tannenberg zu besichtigen, wollte ihm der Gutsherr von Mühlen, Herr von Wernitz, zum Andenken an diese Besichtigung einen Helm überreichen, der noch vom Schlachtfeld von 1410 stammte und seit langer Zeit in der alten Mühlener Kirche aufbewahrt worden war. Der König lehnte dieses Geschenk jedoch ab und wünschte stattdessen, dass dieser Helm in einer neu zu bauenden Kirche seinen Platz fände, wo er hingehöre. Zwanzig Jahre später war die Kirche endlich fertig und derhistorische Helm hing an einem Pfeiler über einer Widmungstafel des Kirchenpatrons, die diese Geschichte wiedergab.

Der Helm ist verschwunden, aber die kleine Feldsteinkirche mit dem hübschen Holztonnengewölbe, dem neogotischen Holzwerk, dem Altarbild des segnenden Christus und der Orgel von 1864 ist in guter Verfassung vorhanden.

Auf dem Kirchhof existiert noch das Grabmal für Friedrich August v. Wernitz, gest. 1866, aber das Gutshaus im Burgenstil des 19. Jhs. musste einem unansehnlichen Zweckbau der Nachkriegszeit weichen.