Im Innern ist die Kirche dreischiffig mit erhöhtem Mittelschiff ohne Querschiff, mit reich ornamentierten Emporen links und rechts und farbenprächtig bemalten Tonnengewölben.

Die Deckengemälde im linken Seitenschiff behandeln Themen aus dem Leben Jesu, während im rechten Seitenschiff seine Verherrlichung dargestellt ist. Alle Malereien an Decken und Wänden stammen von dem Maler Matthias Meyer aus Heilsberg, der auch an den Decken des äußeren Kreuzgangs gearbeitet hat, aus dem Zeitraum 1722 – 1727. Die Verherrlichung Marias ist das zentrale Gemälde des Mittelschiffs.

Die barocke Vorliebe für räumliche Illusionen zeigt sich am besten in einem Feld über der Orgelempore, wo der Blick in einen mächtigen Kuppelraum mit Laterne gelenkt wird.