Das ordenszeitliche Gebäude am südlichen Rand der Altstadt erbaute man als dreischiffige Hallenkirche 1360 – 1381. Nach einem Brand 1474 Umgestaltung der Kirche mit Erneuerung und Erhöhung des Turms 1484 – 1503. Der gestaffelte Ostgiebel entstand 1475, ein östlich vorgebauter Bibliotheksraum 1471, der nördlich angelehnte Treppenturm 1489, der Giebel der zweigeschossigen Sakristei und der Vorhalle im Norden ebenfalls in dieser Zeit.
Am 3. 4. 1580 weihte Bischof Martin Kromer die Kirche zu Ehren der Gottesmutter und der Apostel Petrus und Paulus.
Bei der Feuersbrunst 1806 brannte auch die Kirche zum großen Teil aus. Wiederaufbau bis 1817, Turmdach mit Laterne 1837.
Die Sterngewölbe im Kircheninnern schuf Niclis Scheunemann 1475/76. In einer Nische über dem Portal der nördlichen Vorhalle befindet sich eine spätbarocke Passionsgruppe, links vom Portal ein Pranger in Form einer runden Steinplatte.
Die nach dem großen Brand erforderliche Erneuerung der Ausstattung erfolgte im Stil der Zeit, vornehmlich im Empire und wesentlich von den Bildhauern Wilhelm Biereichel und seinem Sohn Carl L. sowie vom Tischler Andreas Thiel:
• Kanzel 1823,
• Orgelempore 1841 (Orgel von Carl Jeroschewitz).
• Balustrade von Andreas Thiel, 1823 – 1825
• Den Hochaltar von Wilhelm Biereichel, entstanden 1820 – 1822, stiftete Bischof Joseph von Hohenzollern-Hechingen (1808 – 1836). Das Bild der Kirchenpatrone Peter und Paul von 1821 stammt vom Ermländer Anton Johann Blank (1785 – 1844), Kunstprofessor an der Universität Warschau. Die Figuren der zwei Apostel im Hauptteil stammen noch von Isaac Riga und waren um 1696 für die Pfarrkirche in Frauenburg geschaffen worden, die beiden Apostel im Obergeschoß fertigte Christoph Peucker 1728 für die Gymnasialkirche in Rößel. Den Altar vergoldete J. Strangen im Jahr 1853
• Tabernakel von Christian Bernhard Schmidt 1767.
• Es gibt 8 Seitenaltäre. Ebenfalls von Christian Bernhard Schmidt stammen die Figuren des Zacharias und des Simon am Dreikönigsaltar, von Josef und Johannes dem Täufer am Josephsaltar 1770, zwei Engel am Dreifaltigkeitsaltar 1770,
• Gemälde der Dreieinigkeit im Dreifaltigkeitsaltar von Georg Piper um 1680
• Taufbecken von Biereichel, 1828 – 1833
• 2 barocke Beichtstühle, 1758
• Gestühl, klassizistisch, 1817
• Mittelalterliches Weihwasserbecken aus Granit in der Vorhalle
