Die Handfeste des Dorfes Eisenberg erhielt dessen Lokator Hermann 1308 von Hermann von Isenberg, Komtur von Balga und Vogt von Natangen, der hier einen wichtigen Ordenshof anlegte. In dieser Zeit entstand auch die Kirche als Wehrkirche. Aus der Frühzeit von Eisenberg ist weiterhin bekannt, dass das Dorf Eisenberg dem ermländischen Domkustos Thomas Werner für 1000 Mark verpfändet wurde. Während der Ordenszeit existierte in Eisenberg ein Waldamt, das für den Bereich bis Birkenau, Rehfeld und Tiefensee zuständig war.

Eisenberg wurde zum Kriegsende 1945 stark in Mitleidenschaft gezogen. So war am Ortseingang eine Fliegerbombe in einem Flüchtlingstreck explodiert und hat die grauenhaftesten Verwüstungen angerichtet. Die Kirche von Eisenberg war nach dem 2. Weltkrieg wieder aufgebaut worden. Ihr deutscher Altar stammt aus der Kirche von Pellen. Die einstige barocke Haube des Turms wurde durch eine moderne Bedeckung ersetzt.