In Kragau befand sich ein Vorwerk des bischöflichen Roßgartens in Kobbelbude, nach der Säkularisation eine Domäne, die bis 1945 bestand. Der Ort wurde Sitz eines Domänenamtes, das die Kirchspiele Thierenberg, Kumehnen und Medenau umfasste. Dieses wurde ab dem 18. Jh. ein Kammeramt und beherbergte nach 1806 ein Justizamt des Intendanturamts Fischhausen, das ein dem Adel vorbehaltenes Sondergericht war. Im Zuge einer Verwaltungsreform wurde das Kammeramt 1822 aufgelöst und die Aufgaben auf das Intendantur- oder Rentamt Fischhausen übertragen. Das Domänenjustizamt wurde gleichzeitig mit dem Stadtgericht Fischhausen zum Stadt- und Landgericht Fischhausen zusammengefasst, aus dem 1879 das Amtsgericht Fischhausen hervorging.

Die Domäne hatte zur Ordenszeit eine Größe von 62 Hufen (à ca. 16,5 ha) und im 20. Jh. von 535 ha. Die zweiklassige Schule wurde 1737 unter Friedrich Wilhelm I. eingerichtet. Dorf und Gut wurden 1928 zur Gemeinde Kragau zusammengefasst.

Der Name des Ortes, 1310 als Craghen bezeichnet, leitete sich ab von kragis = enghalsiges Gefäß. Das könnte damit zusammenhängen, dass das Gut bei einer Talenge des Forkener Fließes gelegen ist. Das 32 km lange Forkener Fließ, der bedeutendste Bach des westlichen Samlands, durchbricht bei Kragau den Endmoränenbogen und wurde hier für den Mühlenbetrieb aufgestaut. Das Wischrodter Mühlenfließ ist ein künstlich geschaffener Abfluss des Forkener Fließes, den man nördlich von hier abzweigte, um verschiedene Mühlen zu bedienen. So staute man 1354 das Wischrodter Mühlenfließ bei Wischrodt zu einem Teich, der eine weitere Wassermühle betrieb, die aber nicht mehr zu lokalisieren ist. Von den Kragauer Höhen hat man einen schönen Blick auf das Alkgebirge. Die Gemeinde hatte 1939 insgesamt 249 Einwohner. Im Frühjarh 1945 geriet Kragau wehscheinlich verschiedentlich in die Kampflinie und wurde dementsprechend stark zeerstört. Nach dem Krie legten die sowjetischen Behörden hier einen Begräbnisplatz für ihre Gefallenen an.

Der Fußballspieler Diethelm Ferner wurde am 13.07.1941 in Kragau geboren. 1963 und 1964 spielte er im Mittelfeld der deutschen Nationalmannschaft. Als Trainer wirkte er bei Rot-Weiss Essen, bei Schalke 04 und beim FC St. Pauli.