Tiefenau ist einer des ältesten deutschen Siedlungspunkte des Ordens in Ostpreußen.

Als die Ordensritter sich ab 1231 von Thorn und Kulm aus entlang der Weichsel ins Land der Prußen vorkämpften, betrieben sie, bevor sie sich in Marienwerder nieder ließen, den Bau einer Burg auf dem Schlossberg bei dem späteren Dorf Unterberg, südwestlich von Tiefenau in der Landschaft Queden, prußisch: Quidin. Als jedoch in dieser Zeit der militärstrategisch befähigte Ritter Burckhard von Magdeburg, genannt der „mit der kleinen Hand“, zum Orden stieß, fand der den Standort in Klein Queden weniger geeignet und sorgte dafür, dass man den Burgbau in Marienwerder betrieb.

Diese vor 1233 gebaute Burg Klein Queden verlieh Landmeister Hermann Balk, als er sic nicht mehr brauchte, 1236 zusammen mit 300 flämischen Hufen Land (ca. 5.500 ha) an den Edelmann Dietrich von Depenow, aus dessen Namen sich der Ortsname Tiefenau ableitete. Dieses war die erste Landvergabe des Ordens in Preußen. Die Burg wurde 1263 wieder aufgegeben.

Als der letzte männliche Erbe dieser Linie, Volrad von Depenow, 1282 kinderlos starb, gelangte der ganze ostpreußische Besitz durch Kauf an die Familie Stange, die aus Altenburg in Thüringen stammte. Zusammen mit den 1.200 Hufen Land (über 20.000 ha), die sie 1285 ohnehin vom Bischof übertragen bekamen, waren sie die größte Grundbesitzerfamilie ihrer Zeit in Preußen. Die Erben der Stanges verloren sich im Anfang des 15. Jhs.

Der Ort Tiefenau wurde unter der Ägide dieser Großgrundbesitzerfamilie Stange zwischen 1293 und 1299 als Rodungsdorf angelegt. Als Gründungsdatum gilt jedoch das Jahr 1233. In den kriegerischen Auseinandersetzungen mit den Prußen wurde das Tiefenauer Gebiet öfter stark verwüstet.

Im 2. Thorner Frieden kamen die Ländereien von Tiefenau unter die Oberhoheit der polnischen Krone. In der 2. Hälfte des 16. Jhs. tauchte der Name des polnischen Adligen Sokolowski als Besitzer auf. In dessen Familie blieb Gut Tiefenau, ungeachtet von Namensänderungen durch Heirat oder Vererbung, bis zur ersten polnischen Teilung 1772. Die damalige Besitzerin, Frau von Dziewanowski, konnte sich nur schwer mit den veränderten Machtverhältnissen abfinden, hatte wohl auch – wie berichtet wird – Schwierigkeiten mit der Mentalität der preußischen Beamten, und verkaufte das Gut an den preußischen Staat. Der machte aus der Begüterung die kgl. Domäne Weißhof, die er an einen Generalpächter vergab.

In der Kirche von Tiefenau befand sich u. a. ein Wappen von Sigismund Kretkowski (1704 – 1766), Wojwode von Stuhm, aus der Familie Sokolowski. Die Bauernstellen in Tiefenau waren zunehmend, um 1730 ausschließlich von Polen besetzt, bis sich zu preußischer Zeit wieder mehr Deutsche niederließen.